Как любит говорить мой шеф: "Работать надо не до поздна, а с умом!" ... по этому... запоминать какие "дырки закрыть" нужно не тупо, а в процессе оттачивания исполнения какого-либо произведения :D Произведение всегда в какой-нибудь тональности, а не просто так.
Логически вычислить аппликатуру довольно сложно - для этого нужно хоршо знать раздел физики, который изучает акустические волны
Что касается появления определенных диезов и бемолей в определенных тональностях (знаки при ключе), то читайте тут например...
... это может показаться не очень просто, но все-же гораздо проще, чем волновая физика
Но все же самое главное - это ПРАКТИКА! Чем больше играешь, тем все становится удобнее ... само по себе.