Немецкая программа Capella-scan прямо распознает PDF, давая возможность сохранения в формате musicxml, что позволяет экспортировать напрямую в Finale, Sibelius и пр.
http://www.capella-software.com/capscan.htm
Французская программа PDFtomusicPRO позволяет с очень высокой точностью распознавать PDF, созданные в других нотных редакторах.
http://www.myriad-online.com/en/prod...tomusicpro.htm