[Vad]

Микрофонный усилитель имеющийся на звуковых картах, а тем более интегрированный на мат. плате - отвратителен. Как указывалось выше, в принципе непригоден для записи музыки, кроме того, не забывайте, что моно получится. Проф. карты вообще не имеют, как правило его, только линейные входы.
Возьмите лучше старые кассетные деки, типа Яуза-220, 221 итп. Их могут многие даром отдать. И пишитесь. Там стерео предварительный усилитель, высокочувствительный. Динамические микрофоны вполне потянет. Ставьте пару микрофонов и вперед.
Аналоговый сигнал намного менее чувствителен к перегрузкам, чем цифровой. При записи флейты обязательно будут проблемы с динамическим диапазоном, что выразится в треске при записи цифрового сигнала. Затем загоняете аналоговый сигнал (стерео) по линейному входу звуковой карты через любой аудио редактор, Soundforge или, скажем, мне больше Samplitude (Magix) по душе или любой другой.
И напоследок о микрофонах.
Я тут пару лет назад купил дочери динамический вокальный Sennheiser , Германия, не Китай!
Все удовольствие 800 р. Вполне приемлемая цена для приличного микрофона.
А если есть средства, разоритесь на аудио-интерфейс и пишитесь прямо в комп. Полно разных, есть сравнительно недорогие.