Наверно во всем виновато фортепиано
или другие инструменты с подобными особенностями.
Дело в том, что от силы удара молоточка по струне несколько меняется тембр звучания. При слабом ударе один тембр, при более сильном - другой, а при 3 форте - тембр уже заметно другой с оттенком "металла".
Белые и черные клавиши имеют разную длину и соответственно у белой клавиши-рычага и черной получается разное плечо. Чтобы это пытались как-то компенсировать в механике я не видел (даже, если пытаются, все равно на 100% не компенсировать), а то,что звуки черных клавиш и белых немного различаются тембрально, - это вполне заметно.
Если специально не применять всякие хитрости типа нажимания белых клавиш по середине длины, то произведение сыгранное на фортепиано, например, в ре-миноре и оно же, исполненное в фа-миноре, значительно различается по "тембральному рисунку".
(скорее всего блокфлейта тоже из этой же серии инструментов)
Есть смысл разобраться, о чем Вы говорите: о произведении сыгранном в определенных тональностях на определенном инструменте, или о тональности в теории и о произведении, сыгранном в миди.
Если первое - да, разница есть, возможно даже колосальная для тонкого слуха, и не надо даже в другие регистры уходить, и при траспонировании на пол тона разница будет.
Если второе - нет разницы , в теории все одинаково
Подозреваю, что живым инструментом, на котором будет слабо заметна смена тональности (без смены регистра), является гитара, но сейчас гитаристы обидятся и расскажут ..