[Andrey]

Это один из тех вопросов, в ответ на которые проще промолчать, чтобы не показаться дураком. Особенно на музыкальном форуме с классическим уклоном. Или можно дать ссылку на книжку по аранжировке Гараняна.
Но так как пока все молчат, я набросаю свои крестьянские мысли в этом направлении.
Сразу говорю, что не претендую на истинность, я этому не учился (а учатся этому долго), просто я так делаю.
Фактуру музыкальную я делю на три части.
1.Соло (непосредственно мелодия)
2.Гармония (обычно это ритмическая смена аккордов или арпеждио или длинные ноты подклада)
3.Линия баса.
Если говорить о квартете блокфлейт, то можно предположить, что это бас, тенор, альт и сопрано. Или тенор, два альта и сопрано. Или бас, тенор, два альта.
В любом случае самая низкая флейта берет на себя функцию баса, две средних флейты берут на себя гармонизирующую функцию, самая высокая флейта - солирующую.
Если нот нет совсем, это самый интересный и творческий вариант. Подбирается мелодия для верхнего голоса. Подбираются аккорды (с помощью любого многоголосного инструмента, например фортепиано) и раскладываются на две средние флейты. Здесь зависит от правил конкретного стиля, от размера, темпа. Может это будут сложные пересекающиеся арпеджио по нотам текущего аккорда, может одна флейта тянет педальные ноты, вторая арпеджирует.
Ну а низкая флейта как минимум отмечает тоники сменяющихся аккордов, хотя лучше придумать более интересные ходы.
Если речь идет о всякой попсе типа мелодий из фильмов и игр, то ноты проще всего найти в виде мелодической линии, и надписанных сверху аккордов. Здесь алгоритм будет похожим, но только подбирать ничего не надо.
А вот если речь идет о переложении фортепианных нот.... то здесь я даже боюсь говорить.... чтобы никого не обидеть...
Могу предположить, что из правой руки легко вычленяется мелодия. Из левой легко вычленяется басовая линия. А остальные ноты раскладываются на две средние флейты. Здесь слишком много зависит от конкретного произведения, чтобы писать четкий алгоритм...
Все ИМХО...