Немецкая программа Capella-scan прямо распознает PDF, давая возможность сохранения в формате musicxml, что позволяет экспортировать напрямую в Finale, Sibelius и пр.
Французская программа PDFtomusicPRO позволяет с очень высокой точностью распознавать PDF, созданные в других нотных редакторах.