[amateur]

Заочно поставить на 100% правильный диагноз, по моему практически невозможно. Например напрашиваются такие вопросы:
Каков опыт игры именно на дудуке?
Держал ли человек в руках заведомо правильный дудук, на котором у него получалось выдувать правильные ноты? и др.
Имхо, правильная интонация на этом инструменте еще очень сильно зависит от подготовки играющего и его умения правильно настроить инструмент.
Если предположить, что выдувается все правильно и умело, то тоже, опять же можно только предположить, что дудук низит и имеет смысл попробовать трость воткнуть в него поглубже, смотав с нее часть намотанных ниток, либо подыскать трость покороче. Так же можно попробовать парду дальше надвинуть, сильнее сжав трость, если конечно дудка не заткнется при этом.
К тому же я вообще не уверен, что на 100% правильно понял описание проблемы. Желательно для ясности указать закрытые-открытые отверстия для проблемных нот, напримре так 000ХХХХХХХ - Ля должно быть, а звучит ЛяЬ