Есть транспонирование. Но можно выучить аппликатуру и играть по реальным (не транспонированным) нотам. Блокфлейта например всегда записывается реальными нотами (или в октаву). Есть музыканты, которые разучивают много разновидностей инструментов и играют по нормальным нотам.
Статья по теме:
http://xclock2007.narod.ru/blf/scale/